Sebagai organisasi yang menerapkan sistem manajemen mutu (SMM) berbasis ISO 9001:2008, maka PJM secara berkala menjalani evaluasi terhadap implementasi SMM ISO 9001:2008 oleh pihak eksternal, yaitu, badan sertifikasi ISO Lloyd’s Register Quality Assurance (LRQA) dengan nomor sertifikat JKT6003728.

Kegiatan evaluasi dilakukan berkala setiap 6 bulan, yaitu melalui asesmen sebelum sertifikasi dan surveillance program setelah sertifikasi. Kegiatan ini berlangsung selama kontrak sertifikasi yaitu dalam waktu tiga tahun, mulai tahun 2011 s.d 2014. Pada tahun 2014, telah dilakukan renewal certification yang pertama hingga tahun 2017. Selanjutnya pada tahun 2017 telah dilakukan renewal certification yang kedua hingga masa peralihan ISO 9001:2008 berakhir pada September 2018 dan harus berganti (updating) ke ISO 9001:2015.