Adanya sistem dokumentasi memungkinkan jaminan keselarasan antara perencanaan, implementasi, pengendalian proses kegiatan PJM UB. Hal ini menjadi alat komunikasi efektif dan menjamin konsistensi tindakan untuk menghasilkan produk yang sesuai dengan persyaratan pelanggan dan peningkatan mutu berkelanjutan. PJM UB menetapkan dan memelihara prosedur terdokumentasi mengenai pengendalian seluruh dokumen dan catatan perangkat yang terkait dengan persyaratan SMM.

Pada tahun 2010, beberapa dokumen SPMI yang telah disusun PJM dilimpahkan menjadi dokumen universitas. Dokumen-dokumen tersebut adalah manual prosedur (MP) yang memiliki lingkup universitas, sehingga PJM hanya mengelola dan mengembangkan dokumen untuk lingkup PJM sendiri. Beberapa dokumen tersebut antara lain MP terkait kegiatan AIM, Pendampingan Akreditasi, Monevin PHK, UBAQA dan Penanganan Keluhan.

Namun, dengan pertimbangan bahwa pelaksana prosedur-prosedur di atas adalah PJM, maka di tahun 2011 dokumen-dokumen tersebut dikembalikan lagi ke PJM. Daftar dokumen yang saat ini dikelola PJM adalah sebagai berikut:

  1. Program Kerja PJM
  2. SOP Management Review, Penyusunan Program Kerja dan Rapat Rutin
  3. SOP Evaluasi Kepuasan Pengguna Jasa
  4. SOP Penyusunan Dokumen SPMI
  5. SOP AIM
  6. SOP Monev PHK
  7. SOP Pendampingan Penyusunan Dokumen, Simulasi Visitasi dan Pengajuan Usulan Akreditasi BAN-PT Program Studi
  8. SOP Surveilen Banding Hasil Akreditasi Program Studi
  9. SOP Pendampingan Penyusunan Dokumen, Simulasi Visitasi dan Pengajuan Usulan Akreditasi LAM-PTKes Program Studi
  10. SOP Pelatihan Penyusunan Dokumen Akreditasi Prodi
  11. SOP Pendampingan Akreditasi/Sertifikasi Internasional
  12. SOP Pendampingan Akreditasi Laboratorium
  13. SOP Updating Konten Website PJM
  14. SOP Pelayanan Konsultasi/Studi Banding
  15. SOP Penyediaan Narasumber Bidang SPMI
  16. SOP Sertifikasi Auditor Internal Mutu dan Reviewer Internal PHK
  17. SOP Pelatihan SPMI