Adanya sistem dokumentasi memungkinkan jaminan keselarasan antara perencanaan, implementasi, pengendalian proses kegiatan PJM UB. Hal ini menjadi alat komunikasi efektif dan menjamin konsistensi tindakan untuk menghasilkan produk yang sesuai dengan persyaratan pelanggan dan peningkatan mutu berkelanjutan. PJM UB menetapkan dan memelihara prosedur terdokumentasi mengenai pengendalian seluruh dokumen dan catatan perangkat yang terkait dengan persyaratan SMM.

Pada tahun 2010, beberapa dokumen SPMI yang telah disusun PJM dilimpahkan menjadi dokumen universitas. Dokumen-dokumen tersebut adalah manual prosedur (MP) yang memiliki lingkup universitas, sehingga PJM hanya mengelola dan mengembangkan dokumen untuk lingkup PJM sendiri. Beberapa dokumen tersebut antara lain MP terkait kegiatan AIM, Pendampingan Akreditasi, Monevin PHK, UBAQA dan Penanganan Keluhan.

Namun, dengan pertimbangan bahwa pelaksana prosedur-prosedur di atas adalah PJM, maka di tahun 2011 dokumen-dokumen tersebut dikembalikan lagi ke PJM. Daftar dokumen yang saat ini dikelola PJM adalah sebagai berikut:

  1. Visi, Misi, Tujuan, Motto dan Maklumat Pelayanan PJM UB
  2. Program Kerja PJM UB
  3. Manual Mutu PJM UB
  4. MP Pengendalian Dokumen dan Rekaman PJM UB
  5. MP Pengendalian Produk yang Tidak Sesuai PJM UB
  6. MP Tindakan Korektif dan Tindakan Pencegahan PJM UB
  7. MP Review Profil PJM di Website UB
  8. MP Layanan Konsultasi
  9. MP Evaluasi Kepuasan Pelanggan
  10. MP Pelatihan Perancangan SPMI dan Sertifikasi Auditor Internal
  11. MP Pengadaan dan Pemeliharaan Aset PJM
  12. MP Pendampingan Penyusunan Dokumen, Asesmen dan Simulasi Akreditasi PS
  13. MP Surveillance Akreditasi PS
  14. MP Pendampingan Implementasi SPMI
  15. MP Pengadaan Auditor Internal untuk AIM
  16. MP Audit Internal Mutu (AIM) UKPA dan MP AIM UKPPA
  17. MP Pendampingan PHK
  18. MP Pengadaan Reviewer Internal PHK
  19. MP Monitoring dan Evaluasi Internal PHK